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NGS clinique de production en Génétique humaine

  • BAC +5
  • Bioinformatique/ Robotique/ Screening
  • Institution et agence de santé
  • Région : Ile-de-France
  • Type de contrat : CDI
  • Rémunération : De 30 000 à 40 000 euros

Descriptif

Description du poste : CDI de Chantier

L’institut Gustave Roussy, premier centre européen de lutte contre le cancer a une forte activité de NGS clinique de routine et de recherche clinique. L’activité est répartie entre le département de Biologie et Pathologie Médicale d’une part, qui réunit en son sein les services de Génétique Constitutionnelle, de Pathologie des Tumeurs Solides et d’Hématologie Moléculaire et la plateforme de Génomique d’autre part. Au total, un volume de plus de 3000 analyses de patients est fourni annuellement en NGS de routine et de recherche clinique. Cette activité croissante répond à une augmentation de la demande des cliniciens de Gustave Roussy et d’autres hôpitaux et CLCC de France en recherche de prédisposition génétique, théranostique et pronostique.

 

Dans ce cadre, le département est à la recherche d’un(e) bioinformaticien(ne) pour d’une part se conformer aux nouvelles normes qualité auxquelles seront soumises les laboratoires d’analyse médicales et d’autre part faire face à la charge croissante de travail nécessaire à l’analyse des données générées par le NGS de routine. Il/elle sera hébergé(e) dans le département de Biologie et Pathologie Médicale en lien avec les services de génétique, pathologie moléculaire et recherche translationnelle.

 

Missions :

  • Adaptation et documentation du système informatique d’analyse des données NGS de routine pour le faire rentrer dans les normes ISO 15189 (COFRAC) et ISO 13485 (dispositifs médicaux) en vue d’une accréditation.
  • Assurer l’interopérabilité du système avec les autres systèmes de l’institut.
  • Maintien du système informatique d’analyse des données NGS de routine.
  • Réalisation des tests de validations de nouvelles versions.
  • Aide à la résolution des problèmes liés à l’utilisation du système rencontrés par les techniciens et les biologistes du département.
  • Aide à l’amélioration continue du système et aux développements de nouvelles fonctionnalités

 

Compétences requises :

  • Maîtrise des outils informatiques liés à l’analyse des données de séquençage NGS.
  • Maîtrise de Linux, Windows et les lignes de commandes.
  • Très bonne connaissance des différents formats utilisés en bioinformatique (FASTQ, UBAM, SAM, BAM, VCF…).
  • Très bonne connaissance du SGBD MySQL, du serveur web Apache et du langage de script PHP.
  • Très bonne connaissance des technologies web 2.0 (HTML5, AngularJS, Javasript, Ajax…).
  • Savoir travailler en autonomie et s’intégrer dans une équipe pluridisciplinaire.

 

Connaissances associées :

  • Anglais lu et parlé
  • Connaissance en génétique et en biologie moléculaire.

 

Pré-requis :

  • Master 2 en bio-informatique ou équivalent avec une expérience professionnelle de 1 an minimum

 

Dans le cadre de notre politique volontariste en faveur de l’insertion des personnes en situation de handicap, toutes les candidatures reçues sont étudiées à compétences égales.

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