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Bioinformaticien(ne), responsable de l’activité Bioinformatique de production des données génomiques clinique (H/F)

  • BAC +5
  • Bioinformatique/ Robotique/ Screening
  • Institution et agence de santé
  • Région : Ile-de-France
  • Type de contrat : CDI
  • Rémunération : De 40 000 à 50 000 euros

Descriptif

Implanté dans le service de génétique des tumeurs, vous travaillerez en lien avec la plateforme de recherche translationnelle (AMMICa) et la plateforme bioinformatique recherche. Les activités de bioinformatiques couvrent la production des données des secteurs de génétique constitutionnelle, de génétique des tumeurs solides, d’oncohématologie, de cytogénétique moléculaire et de recherche clinique.

 

Vous êtes responsable de deux bioinformaticiens en charge du maintien des pipelines d’analyses et du développement des outils. Vous interagissez directement avec la Plateforme de Bioinformatique Recherche pour le développement de nouveaux outils en fonction des demandes des praticiens.

 

Vos principales missions consisteront à :

  • Coordonner la mise en production des pipelines développés par la plateforme de bioinformatique vers un contexte clinique,
  • Veiller à l’adéquation des ressources serveurs avec les besoins d’analyse et de stockage,
  • Maintenir et faire évoluer le système en place en interaction directe avec les biologistes et les généticiens,
    • Traitement bioinformatique et statistique des données générées par le séquenceur (MiSeq/S5/NextSeq/NovaSeq),
    • QC, tracabilité, résultats, visualisation,
    • Adéquation du système avec les exigences des bonnes pratiques de développement et la norme ISO15189 du laboratoire de biologie,
  • S’impliquer dans le développement et l’alimentation des bases de données génomiques en lien avec le projet institutionnel appelé « ODIN ».

 

Formation : Bac+5 en Bioinformatique (Master ou Ecole d’Ingénieur)

 

Aptitudes :

  • Maîtrise des principaux outils dédiés à la recherche de variants génomique,
  • Bon niveau de programmation dans un language de scripting (Python),
  • Bonne connaissance de unix (bash),
  • Connaissance en Système de Gestion de Bases de Données (MySQL),
  • Connaissance de R,
  • Connaissance de l’outil Galaxy,
  • Maîtrise de l’anglais technique,
  • Dynamisme, autonomie, esprit d‘initiative,
  • Sens de l’organisation, rigueur et adaptabilité,
  • Sens relationnel, esprit d’équipe.
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